Koordinaciju trgovinsko-gospodarskih veza ostvaruje međuvladina Komisija za trgovinsko-gospodarsku i znanstveno-tehničku suradnju. Njezin je predsjednik s ruske strane ministar za civilnu obranu, izvanredne situacije i uklanjanje posljedica elementarnih nepogoda Sergej Šojgu. Kopredsjednik s hrvatske strane je Potpredsjednik Vlade, Minisar gospodarstva, rada i poduzetništva RH Damir Polančec.. Na V. sjednici Međuvladine Komisije koja se održavala u Moskvi u veljači 2009. godine strane su razgovarale o osnovnim pitanjima trgovinsko-gospodarskih veza, uključujući produbljivanje suradnje u području toplinsko-energetskog kompleksa, brodogradnje, industrije i turizma.

Jačaju kontakti Hrvatske s ruskim regijama. U svibnju 2007. na poziv Predsjednika Hrvatske Zagreb je posjetilo izaslanstvo Centralnog federalnog okruga Rusije na čelu s Georgijem Poltavčenkom, koji je imao susrete s Predsjednikom Stjepanom Mesićem, predsjednikom vlade Ivom Sanaderom, potpredsjenikom Damirom Polančecom. U studenom 2004. potpisana je okvirna Deklaracija o suradnji između CFO-a i Zagreba.

Na temelju Protokola o suradnji iz 2001. nastavlja se dijalog između Moskve i Zagreba te se redovito održavaju radni posjeti izaslanstava rukovodećih struktura obaju glavnih gradova. U okviru 80. Međunarodnog Zagrebačkog velesajma održanog u rujnu 2004. na kojem je Rusija bila zemlja-partner, prezentirana su gospodarska i kulturna dostignuća moskovljana pod naslovom «Dani Moskve u Zagrebu». U ožujku 2005. odžani su «Dani Zagreba u Moskvi».